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Covid-19 : que sait-on du variant Lambda, désormais présent dans 29 pays ?

Gissel Maidana — 2021-09-29T17:08:48Z

Covid-19 : que sait-on du variant Lambda, désormais présent dans 29 pays ?

Tara Hurst, Birmingham City University

Le Pérou est de loin le pays qui compte le plus grand nombre de décès dus au Covid-19 par habitant. 596 décès sur 100 000 habitants sont dus à la maladie. Ce bilan est presque deux fois plus élevé que celui du second pays le plus touché par la pandémie, la Hongrie, qui enregistre 307 décès pour 100 000 habitants.
Ces piètres résultats du Pérou face à la pandémie ont plusieurs origines : système de santé mal financé et insuffisamment préparé, avec notamment trop peu de places en soin intensifs] d'un système de santé mal financé et insuffisamment préparé, avec trop peu de lits pour les soins intensifs, déploiement lent de la vaccination, capacité de test limitée, économie informelle importante (un nombre élevé d'habitants ne pouvant pas se permettre de ne pas travailler), logements surpeuplés…

En outre, le pays a également été confronté au variant Lambda. Signalé pour la première fois dans la capitale, Lima, en août 2020, celui-ci représentait représentait en avril 2021 97 % de toutes les séquences de coronavirus analysées au Pérou.
Ce variant Lambda est désormais présent dans le monde entier. Selon un récent rapport de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) du 15 juin 2021, il a été identifié dans 29 pays. On peut notamment lire dans ce document que le variant Lambda « a été associé à des taux substantiels de transmission communautaire dans de multiples pays, avec une prévalence croissante dans le temps, parallèlement à l'augmentation de l'incidence du COVID-19. »
Le 14 juin 2021, l'OMS a déclaré que le variant Lambda était un variant d'intérêt. Public Health England lui a emboîté le pas le 23 juin, le désignant comme un « variant sous invertigation », en raison de son expansion mondiale et de la présence de plusieurs mutations notables.

Pas de diminution massive de l'efficacité des anticorps

Un variant d'intérêt est un virus présentant des mutations dont on sait ou prévoit qu'elles peuvent affecter des caractéristiques tels que la transmissibilité (la facilité avec laquelle le virus se propage), la gravité de la maladie, la capacité à échapper à l'immunité conférée par une infection antérieur ou la vaccination, ou encore la possibilité d'échapper aux tests diagnostics.

La « combinaison inhabituelle » des mutations portées par le variant Lambda fait craindre à de nombreux scientifiques qu'il puisse être plus transmissible.
Le protéine Spike (ou S) du variant Lambda présente en effet sept mutations (pour mémoire, la protéine Spike, dont la forme rappelle celle d'un champignon, est présente en de nombreux exemplaires sur l'enveloppe externe du virus. Elle s'accroche à la protéine ACE2 présente sur nos cellules, permettant au coronavirus de les envahir). Ces mutations pourraient non seulement permettre au variant lambda de se lier plus facilement à nos cellules, mais aussi compliquer la tâche de nos anticorps en limitant leur accroche sur le variant, et donc sa neutralisation.

Il faut toutefois se souvenir que les anticorps neutralisants ne sont la seule arme de défense de notre système immunitaire (mais ils s'agit de la plus facile à étudier) : les lymphocytes T, qui interviennent à la fois dans la destruction des cellules infectées, la coordination de la réponse immunitaire et la mémorisation des infections, jouent également un rôle essentiel. De sorte qu'une poignée de mutations - aussi inhabituelles soient-elles - pourraient ne pas suffire pour permettre au variant Lambda d'échapper complètement à notre système immunitaire.

Ses mutations rendent-elles le variant Lambda plus dangereux que le coronavirus original ?

Actuellement, les preuves scientifiques disponibles pour de répondre à cette question : il n'existe qu'une poignée de « preprint », autrement dit des articles dont la méthodologie et les résultats n'ont pas encore été revus par d'autres scientifiques (examen par les pairs). Autrement dit, aucune étude sur le variant Lambda n'a encore été réellement publiée.

L'un de ces preprints présente les résultats obtenus par des chercheurs de la Grossman School of Medicine de l'Université de New York. L'objectif de ces travaux était de vérifier la capacité de neutralisation de sérums de patients convalescents et de sérum contenant des anticorps induits par la vaccination sur des virus possédant une protéine Spike comportant les mêmes mutations que celle du variant lambda. Les résultats semblent indiquer que ces virus sont environ 2,3 plus résistants à la neutralisation par le sérum de patients vaccinés par le vaccin à ARN de Moderna, 3 fois plus résistants à la neutralisation par le sérum de patients vaccinés par le vaccin à ARN de Pfizer, et 3,3 fois plus résistants à la neutralisation par le sérum de patients qui avaient eu la Covid-19 avant l'émergence de Lambda.

Il faut cependant souligner qu'il ne s'agit pas là d'une diminution massive d'efficacité des anticorps neutralisants. Les chercheurs concluent d'ailleurs que leurs résultats suggèrent que les vaccins actuellement utilisés resteront protecteurs contre le variant Lambda. Des chercheurs de l'Université du Chili ont quant à eux étudié l'effet du vaccin Sinovac (également connu sous le nom de « CoronaVac ») contre le variant lambda. Ils ont également constaté une réduction par trois de l'efficacité des anticorps neutralisants induits par le vaccin contre ce variant par rapport au virus original.

Le fait que ces deux études aient constaté que la neutralisation par les anticorps est au moins partiellement conservée est prometteur, notamment parce qu'il ne s'agit que d'une facette de la réponse immunitaire induite par la vaccination.
À l'heure actuelle, les huit cas confirmés de variant Lambda au Royaume-Uni, la plupart ont pu être reliés à des voyages à l'étranger.

Selon le dernier rapport d'évaluation des risques de Public Health England, en date du 8 juillet, le variant Lambda n'a pour l'heure supplanté le variant Delta dans aucun pays des pays où les deux variant circulent (mais les auteurs insistent sur la nécessité de surveiller attentivement la situation épidémiologique du Pérou et du Chili). D'autres études sont en cours, toutefois pour l'instant, le variant Lambda reste donc un « variant d'intérêt », et non un « variant préoccupant ».< !—>

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Tara Hurst

, Lecturer, Biomedical Science, Birmingham City University

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l'article original.

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La crise sanitaire impacte la santé mentale des enfants, vraiment ?

Gissel Maidana — 2021-09-29T15:43:43Z

La crise sanitaire impacte la santé mentale des enfants, vraiment ?

Une épidémie comme celle de la Covid-19 chamboule le quotidien des enfants et des adolescents qui voient leurs habitudes perturbées d'une part par le confinement et la fermeture des écoles, d'autre part par le stress ainsi que les difficultés professionnelles et financières des adultes qui les encadrent. Si un grand nombre d'adultes consulte pour des raisons psychologiques depuis le début de l'épidémie, les enfants n'expriment pas toujours leur mal-être. Alors faut-il se fier aux discours portant sur une dégradation brutale de la santé mentale des enfants depuis le début de l'épidémie ? Et comment évaluer l'ampleur réelle de phénomènes psychologiques qui peuvent être parfois difficiles à quantifier ? Canal Détox se penche sur cette problématique importante.

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Suivez l'évolution de la vaccination mondiale

Gissel Maidana — 2021-07-17T17:04:03Z

Suivez l'évolution de la vaccination mondiale

Pour espérer en finir avec l'épidémie, la couverture vaccinale doit progresser au niveau mondial. Mat Napo / Unsplash

Benoît Tonson, The Conversation ; Fabrice Rousselot, The Conversation et Lionel Cavicchioli, The Conversation

À ce jour, les experts s'accordent sur le fait que, parallèlement aux gestes barrières, la vaccination reste le meilleur moyen de freiner la propagation du coronavirus SARS-CoV-2.

Samuel Regan-Asante/Unsplash

En Europe et ailleurs dans le monde, les gouvernements ont adopté différentes stratégies afin de vacciner leurs populations. Où en est-on aujourd'hui ? Quels pays sont en avance ? L'inégalité vaccinale est-elle aussi marquée qu'on l'affirme ?

Afin de mieux apprécier la situation vaccinale au niveau mondial, nous mettons à disposition deux infographies produites et régulièrement actualisées par Our World in Data : une carte présentant les pourcentages de la population entièrement vaccinée et un graphique récapitulant les proportions des différents types de vaccins administrés, par pays.

Proportion de la population mondiale entièrement vaccinée contre la Covid-19

Ce pourcentage correspond, pour chaque pays, à la proportion de la population qui a reçu l'ensemble des doses prescrites par le protocole de vaccination. Cette information n'est disponible que pour les pays mettant à disposition des données distinguant l'administration de la première et de la seconde dose.

Les chiffres correspondent à la population totalement vaccinée au jour J, dans un pays donné. La liste déroulante située en haut à droite de la carte permet de focaliser l'aperçu sur les différents continents. Enfin, le curseur situé sous la carte vous permet de consulter les mois précédents, et ainsi de visualiser l'évolution de la vaccination dans le temps.

Doses de vaccin anti-Covid-19 administrées, par laboratoire

Les doses sont comptabilisées en tant que dose unique. Ces chiffres peuvent donc différer du nombre de personnes entièrement vaccinées, puisque certains vaccins nécessitent l'administration de plusieurs doses.

Pour afficher les données correspondant à un pays en particulier, cliquez sur le bouton « Change country » et tapez son nom.

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Benoît Tonson

, Chef de rubrique Science, The Conversation ; Fabrice Rousselot, Directeur de la rédaction, The Conversation et Lionel Cavicchioli, Chef de rubrique Santé, The Conversation

Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l'article original.

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Epidémie de COVID-19 : mise au point d'un modèle de prédiction de la propagation

Gissel Maidana — 2021-02-23T21:49:54Z

Epidémie de COVID-19 : mise au point d'un modèle de prédiction de la propagation

Quels ont été les facteurs les plus importants dans la propagation de l'épidémie de Covid-19 ? En utilisant les données de la première vague épidémique en France, une équipe d'Inrae et de l'EHESS a modélisé la propagation spatio-temporelle du virus dans les différents départements français. Leurs résultats, publiés le 15 décembre dans la revue Royal Society Open Science, montrent, une fois l'épidémie établie, le rôle significatif de facteurs globaux comme les mesures sanitaires prises par le gouvernement et celui des déplacements dans l'évolution de la diffusion de la maladie. Ils proposent un modèle mathématique de prédiction de propagation de l'épidémie comme outil d'aide à la décision dans la gestion épidémique.

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Un monde grippé : les enjeux anthropologiques de l'histoire des épidémies

Gissel Maidana — 2021-01-28T16:14:23Z

À retrouver dans l'émission

LES CHEMINS DE LA PHILOSOPHIE

par Adèle Van Reeth

A la panique qu'elle suscite, l'épidémie ajoute l'ironie de nous enlever la singularité de notre propre mort. Elle nous réduit à des numéros et nous fait courir le risque de n'être qu'une seule de ces milliers de victimes d'un fléau dont on méconnaît l'origine. Et de devenir un ennemi potentiel...

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Les épidémies sont inévitables, apprenons à les anticiper

Gissel Maidana — 2021-01-08T01:38:57Z

Scène de la peste de 1720 à la Tourette (Marseille), tableau de Michel Serre (musée Atger, Montpellier) Wikipedia, CC BY-SA

Eric Muraille, Université Libre de Bruxelles (ULB)

Les années 1970 virent éclore le mythe d'un contrôle absolu et même d'une possible éradication des maladies infectieuses. La médecine disposait alors d'un arsenal d'antibiotiques permettant de traiter efficacement la plupart des infections bactériennes. Les campagnes de vaccination de masse avaient démontré leur efficacité contre de nombreux fléaux majeurs, tels que la variole, quasi éradiquée à cette époque. Cette situation amena William H. Stewart, chirurgien général des États-Unis à déclarer en 1978 :

« Le moment est venu de fermer le livre des maladies infectieuses et de déclarer gagnée la guerre contre les pestilences. »

L'éradication des maladies infectieuses, un graal inaccessible

Mais en 1981, les premiers cas de syndrome d'immunodéficience acquise (sida) dus au virus de l'immunodéficience humaine (VIH) furent documentés. Entre 1981 et 2018, le VIH causa la mort de plus de 32 millions d'individus. Il est le plus connu d'une longue liste d'agents infectieux dits émergents.

La destruction des écosystèmes naturels, le changement climatique et la commercialisation d'animaux sauvages génèrent de nouvelles opportunités d'infection et donc d'adaptation à de nouveaux hôtes. Le VIH résulte de l'adaptation à l'espèce humaine du virus de l'immunodéficience simienne infectant les primates non humains. Les coronavirus SARS-CoV et SARS-CoV-2, respectivement à l'origine des épidémies de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) de 2003 et 2019, seraient originaires de la chauve-souris. Tout comme les épidémies de fièvres hémorragiques dues au virus Ebola. Plus de 70 % des 335 agents infectieux émergents identifiés entre 1940 et 2004 ont été transmis à l'être humain par l'animal. Ils nous rappellent que la protection contre les épidémies n'est jamais un acquis.

Non seulement de nouveaux agents infectieux apparaissent sans cesse, mais ils évoluent. Ils s'adaptent aux pressions de sélection, telles que les antibiotiques, les antiviraux et parfois même les vaccins. Un nombre croissant d'espèces bactériennes, en particulier les « ESKAPEs » (Enterococcus, S. aureus, K. pneumoniae, A. baumannii, P. aeruginosa, et E. coli), sont à présent fréquemment multirésistantes et associées à une morbidité, une mortalité et un coût économique croissants. L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) considère la résistance aux antibiotiques comme l'une des plus graves menaces pesant sur la santé mondiale, la sécurité alimentaire et le développement. L'apparition d'une résistance à des vaccins a heureusement été beaucoup plus rarement observée. Elle a cependant été documentée pour certains vaccins humains dont le vaccin conjugué contre la bactérie Streptococcus pneumoniae.

Le système économique détermine la nature des épidémies

L'organisation sociale et en particulier le système économique détermine la nature des épidémies affectant une société. Et l'émergence de nouveaux agents infectieux est souvent corrélée aux révolutions économiques.

L'invention de l'agriculture au Néolithique a entraîné une sédentarisation ainsi qu'une augmentation rapide de la taille des populations. La pratique de l'élevage, en augmentant les opportunités de transmission entre animaux et humains, a favorisé l'adaptation à l'espèce humaine de nombreuses infections animales. Cette révolution économique a causé une première transition épidémiologique majeure. Il est désormais établi que l'émergence de la variole, de la rougeole et de la peste, est la conséquence de la pratique de l'élevage. L'agriculture a également permis le développement d'échanges commerciaux entre des régions parfois très éloignées. Le commerce, dès l'Antiquité, permit la dissémination des épidémies sur de vastes zones géographiques. La peste de Justinien, première grande pandémie connue de peste, ravageât une partie de l'Europe en suivant les voies de transport maritime et contribua au déclin de l'empire byzantin. La peste réapparut au Moyen Âge en Europe via la route de la soie reliant l'Asie à l'Europe. Connue sous le nom de peste noire, elle tua entre 30 et 50 % des Européens entre 1347 et 1352. Jusqu'au XVIII^e siècle, des épidémies majeures de peste sont encore signalées, dont la peste de Marseille en 1720, propagée à partir d'un bateau en provenance de Syrie, dont mourut plus d'un quart des habitants de la Provence.

La fin du XX^e siècle a vu une croissance exponentielle de l'interconnexion et de l'interdépendance des États, conduisant à une économie dite mondialisée. En ce début de XXI^e siècle, l'intensification du commerce et du tourisme international permettent une globalisation quasi instantanée des épidémies dues aux agents infectieux des voies respiratoires. En 2003, l'épidémie de SARS-CoV, dissémina en moins de 24 heures de l'hôtel Metropole de Hongkong à de nombreux pays, dont le Canada, via les transports aériens. Soit plus de 6000 km en 24 heures, un record. Heureusement, en raison de sa faible transmissibilité, cette épidémie pu être contenue et ne dépassa guère les 8000 cas. En 2009, il en fut autrement avec l'épidémie de virus influenza H1N1. En moins de 3 mois, en dépit des multiples mesures de détection et de contention, elle se mua en pandémie et infecta en une année plus de 25 millions d'individus.

Expansion du virus H1N1 dans le monde en mars 2010. Wikipedia, CC BY

La récente épidémie Covid-19 due au SARS-CoV-2 ne déroge pas à cette règle. Les mesures exceptionnelles de contention utilisées par le gouvernement chinois, dont la mise en quarantaine de villes de plusieurs millions d'habitants, n'ont réussi qu'à ralentir l'épidémie et n'ont pu empêcher sa propagation mondiale. Apparue en novembre 2019 dans la région de Wuhan en Chine, au 21 mars 2020 l'épidémie a déjà gagné plus de 160 pays, infecté plus de 299 000 personnes, causé plus de 12 700 morts. Elle ne montre aucun signe d'essoufflement et pourrait s'installer durablement.

Notre fragilité aux épidémies s'est accrue

Depuis la tristement célèbre pandémie de grippe espagnole de 1918, responsable de plus de 50 millions de morts, la vaccination de masse, la découverte des antibiotiques et antiviraux, une meilleure compréhension des infections, l'amélioration des services de santé ainsi que la création d'organisations internationales comme l'OMS ont fortement accru notre capacité à gérer les épidémies. Mais, par d'autres aspects, nos sociétés sont également devenues plus fragiles.

Par exemple, le vieillissement des populations ainsi que la forte occurrence de bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) contribuent à aggraver le bilan des infections pulmonaires. La proportion d'individus de plus de 65 ans dans nos sociétés a fortement augmenté ces dernières décennies et cette fraction de la population est plus susceptible aux infections virales. Plus de 250 millions d'individus dans le monde souffrent de BPCO due au tabagisme et à la pollution. La BPCO augmente fortement la susceptibilité aux infections pulmonaires en réduisant l'efficacité de la réponse immune.

Notre système économique mondialisé favorise la dissémination des épidémies mais il s'avère également extrêmement sensible aux épidémies. Leurs conséquences économiques, bien que difficiles à quantifier, sont considérables. Rien qu'aux USA, le coût annuel moyen de la grippe saisonnière est évalué à plus de 10 milliards de dollars. On estime que les pertes économiques mondiales liées à l'épidémie de SARS-CoV en 2003 seraient proches de 40 milliards de dollars. Quant à l'épidémie de Covid-19, en quelques mois elle a déjà entraîné selon l'OCDE une importante chute de la croissance mondiale et un crash historique des bourses. Ces pertes économiques auront de nombreuses répercussions, notamment sur la santé humaine en fragilisant sans doute un peu plus le financement de nos systèmes de santé publique.

Les limites de la vaccination et de la quarantaine

Les épidémies disséminent très rapidement dans un monde où plus de 4 milliards de passagers prennent l'avion par année. S'il est actuellement souvent possible d'identifier en quelques semaines l'agent infectieux responsable d'une épidémie, le développement, le test et la production à grande échelle d'un vaccin en moins d'une année sont encore difficilement réalisables. Sauf si l'on peut se contenter de modifier un vaccin déjà existant et bien maîtrisé, comme dans le cas de l'infection H1N1 de 2009. Nous ne disposons toujours pas, par exemple, d'un vaccin contre le SARS-CoV de 2003. La vaccination, si elle reste la stratégie présentant le meilleur rapport coût-bénéfice sur le long terme, n'est donc pas envisageable à court terme pour limiter la dissémination d'un agent infectieux émergent.

Dans une économie mondialisée, la quarantaine, en bloquant les flux de marchandises, peut à terme entraîner l'effondrement des approvisionnements en produits alimentaires et fournitures médicales et aggraver le bilan d'une épidémie. Cette extrême dépendance de nos sociétés à la mobilité rend difficilement envisageable de réussir à contenir les épidémies impliquant des agents infectieux hautement transmissibles. Tout au plus pouvons-nous espérer les ralentir afin d'étaler le nombre d'individus infectés et de limiter le risque d'engorgement des hôpitaux. Une réflexion sur les avantages d'une relocalisation de la production alimentaire ainsi que des industries indispensables à la santé publique serait opportune. Réduire l'interdépendance permettrait de réduire les risques systémiques et les coûts sociaux et économiques liés aux épidémies. Une prise de conscience à ce sujet semble déjà s'engager.

Favorisons une approche proactive et globale des maladies infectieuses émergentes

Il serait avisé de considérer l'épidémie de Covid-19 comme un test de résilience pour notre système économique et nos services de santé et d'en tirer les conclusions qui s'imposent. Cessons de vivre dans le déni. Il y aura d'autres épidémies et certaines pourraient être bien plus dangereuses. Depuis l'épidémie de 2014 en Afrique de l'Ouest, la plupart des experts s'accordent à dire que le virus Ebola finira forcément par quitter le continent africain.

Nous ne pouvons espérer que la vaccination et la quarantaine suffiront à contenir les épidémies dues aux agents infectieux émergents. Seule leur anticipation permettra de réduire leurs coûts sociaux et économiques.

Nous devons tout d'abord limiter les risques d'émergence de nouveaux agents infectieux. Ce qui implique d'intensifier la lutte contre l'envahissement et la dégradation des écosystèmes naturels ainsi que contre le changement climatique. En réaction au Covid-19, la Chine a déjà décidé d'interdire le commerce et la consommation d'animaux sauvages.

Le sous-financement et la gestion managériale de la recherche fondamentale ainsi que des services de santé, dénoncés depuis de nombreuses années, réduisent notre capacité d'anticiper et de répondre aux épidémies. Les chercheurs sont précarisés et les réseaux coopératifs entre équipes de recherche fragilisés. Cette situation ne favorise pas le maintien des compétences et l'exploration de nouveaux domaines de recherche pouvant contribuer à mieux connaître les agents infectieux émergents et à identifier les nouvelles menaces. La pratique du flux tendu dans les hôpitaux est devenue la norme, ce qui réduit leur capacité à faire face à des crises sanitaires majeures. Un refinancement de ces services publics et l'abandon d'une gestion court-termiste basée sur le modèle des entreprises privées sont indispensables à une meilleure anticipation des épidémies. « Ce que révèle cette pandémie, c'est qu'il est des biens et des services qui doivent être placés en dehors des lois du marché », a fort justement déclaré Emmanuel Macron lors de son allocution télévisée du 12 mars 2020 sur les mesures de lutte contre le Covid-19. Espérons que cette prise de conscience se traduise par des mesures concrètes au niveau européen.

Enfin, une gestion transparente et surtout globale de ces crises est essentielle. L'Europe, par exemple, semble incapable d'une stratégie coordonnée de lutte contre ce fléau. Face à l'épidémie de Covid-19, elle se divise en pays pratiquant une stratégie de confinement forcée et pays optant pour une stratégie de laisser-faire. Pourtant, les régions et pays ayant rapidement développé une stratégie proactive de confinement face au Covid-19 ont réussi à limiter le nombre de cas et à éviter une saturation des hôpitaux, ce qui a permis de réduire le taux de mortalité. En revanche, les hôpitaux des pays qui n'ont pas tenté de limiter la dissémination ont subi un engorgement et n'ont pas été capable de prodiguer des soins adéquats à tous les patients, ce qui a entraîné une hausse significative de la mortalité. L'Italie a notamment dû pratiquer un tri des malades, ce qui pose de sérieuses questions éthiques. Beaucoup reste donc à faire pour coordonner et homogénéiser les stratégies de lutte nationales. L'amateurisme de certains gouvernements dans la gestion de l'épidémie de Covid-19, dénoncé par l'OMS, suggère que nous ne sommes pas encore prêts à faire face à des épidémies majeures.< !—> http://theconversation.com/republishing-guidelines —>

Eric Muraille, Biologiste, Immunologiste. Maître de recherches au FNRS, Université Libre de Bruxelles (ULB)

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Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons. Lire l'article original.